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정부가 초고가 주택을 대상으로 한 종합부동산세 증세안을 발표한 가운데, 실거주 1주택자일 경우 서울 아파트 단지 가운데 단 4%에서만 보유세 인상 효과가 있다는 분석 결과가 나와 눈길을 끈다. 15%는 되레 보유세 절감 혜택을 보는 것으로 나타났다.

5일 한국도시연구소가 2026년 세제개편안을 기준으로 서울 공시가격이 등록된 아파트 단지 7994곳을 분석한 결과에 따르면 1가구 1주택 실거주자를 기준으로 올해 대비 2028년에 보유세(종합부동산세+재산세+부가세)가 오르는 아파트 단지는 331곳(4.1%)에 불과했다.

아파트 단지 1178곳(14.7%)은 보유세가 줄고, 나머지 6485곳(81.1%)은 변동이 거의 없거나 동일했다. 이번 분석은 올해 대비 2028년까지 공시가격이 동일하다고 가정해 세제개편의 효과만 반영되도록 했다.

앞서 정부가 지난 3일 발표한 세제개편안을 보면 내년부터 과세표준 6억원(시가 32억원 수준) 초과 주택에 대해 종부세율이 단계적으로 오른다. 세율 체계도 내년 과도기를 거쳐 2028년부터는 보유 주택 수와 관계없이 주택 가격에 따라 세율이 정해진다.

다만 1주택 종부세 과세 대상을 현재 공시가 12억원 초과에서 14억원(시가 20억원 수준) 초과로 상향하면서, 공시가격이 14억∼15억원대인 아파트는 보유세가 줄어들 전망이다.

일례로 공시가격이 14억4100만원인 서울 강동구 상일동 고덕아르테온 전용 84㎡에 1주택자가 5년 보유에 5년 실거주한 경우, 올해 보유세가 371만원인데 2년 뒤에는 335만원으로 9.6% 줄어든다.

같은 조건으로 공시가격 19억6100만원인 서울 송파구 신천동 파크리오 84㎡에 사는 실거주자의 경우, 올해 보유세 642만원에서 2년 뒤 610만원으로 32만원 감소한다. 기본 공제금액이 12억원에서 14억원으로 오르면서 생기게 된 변화다.

보유세는 공시가격이 20억원을 초과해야 증가하기 시작한다. 공시가격이 23억8800만원인 서울 송파구 잠실동 리센츠 84㎡의 경우, 보유세가 921만원에서 931만원으로 10만원 오를 전망이다. 종부세와 농어촌특별세는 각각 8만원(276만원→284만원), 2만원 상승에 그친다.

본격적인 보유세 인상 대상은 공시가격 30억원 이상 초고가 주택이다. 서울 서초구 반포동 래미안퍼스티지 84㎡는 공시가격이 35억7300만원으로, 올해 보유세 1876만원에서 2028년 2369만원으로 493만원(26.3%) 인상된다. 공시가격 45억9400만원에 이르는 서울 서초구 반포동 ‘래미안원베일리’ 84㎡는 보유세가 2820만원에서 3903만원으로 1083만원(38.4%) 오를 전망이다.

종부세 1주택자 세액공제가 거주 중심으로 개편되면서 공제액은 늘어나지만, 과세표준 25억∼50억원 구간의 종부세 세율이 기존 2.0%에서 3.0%로 오른 효과가 더 크기 때문이다.

한국도시연구소 관계자는 “이번 세제개편에서 종부세 부과 대상 축소와 공시가격 24억∼25억원 이하 아파트 보유세 감세 등은 우려스러운 방향”이라며 “고가 아파트를 투기적 목적으로 보유한 소유자에 종부세를 중과하는 것은 긍정적이지만, 그 부담이 서울 주택시장에 유의미한 영향을 미칠 정도로 크지는 않을 것으로 보인다”고 짚었다.